生物多様性は幅を持つ概念であるので、さまざまな目的に沿った評価尺度が作成されてきた。それぞれの尺度は、データの使い方にあわせて選択される。
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遺伝学者は、この尺度は遺伝子の多様性と結びつけるのが適当であると主張している。どの遺伝子が有益あるかを常に立証することはできないので、多様性保全のための最良の選択はできるだけ多くの遺伝子を残すことである。一方、生態学者は、遷移を禁じることになるので、このアプローチは行き過ぎた制約であると、考えることもある。
通常、生物多様性は、短い時間スケールで地域の分類学的生物種の豊富さとして表現される。ホイタッカー[8]は、種の豊富さと均等度に注意を払いつつ、種レベルでの生物多様性を測るものとして3種類の一般的尺度について記述した（種多様性を参照のこと）。
種の豊富さ … 利用可能な指数の中では最も原始的。
シンプソン指数 (Simpson index)
シャノン指数 (Shannon index)
この他にも生態学者によって使用される3種類の多様度指数がある。
アルファ多様性 … 生物相または生態系といった特定領域中の多様性について、分類群（タクソン）数（ふつうは種)を数えることで測定される。
ベータ多様性 … 複数の生態系の間での種の多様性である。それぞれの生態系に特有な分類群の数を比較する。
ガンマ多様性 … ある領域の中の異なった生態系について全体的な多様性の尺度。