極寒の地・ロシアで、売人から極めて危険なウイルスを手に入れた謎の美女・折原マヤ。彼女は売人にウイルスを感染させ、日本へと向かう。そして東京でロシアの工作員を殺害し、主人公・高木藤丸の通う弥代学院へ生物教師として赴任して来た。
藤丸は普段、無気力でだらしない普通の少年であるが、影では天才的なハッキング能力を持つ、正体不明のカリスマハッカー『ファルコン』として、父・竜之介が所属している公安の一組織『THIRD-i』の仕事を手伝っていた。
実はテロリストであるマヤの目的は、ウイルスの感染爆発、天才ハッカー『ファルコン』及び治安維持組織『THIRD-i』の監視、そして、『クリスマスの虐殺』ファイルの回収の三つ。テロ計画に巻き込まれた藤丸は、そのハッキング技術を駆使してテロリストたちに立ち向かうことになる。
弥代学院
高木藤丸（たかぎ ふじまる）
本作の主人公。弥代学院高等部2年で新聞部員。常にパソコンを持ち歩いている。
授業はサボる、女子のスカートを捲る、授業中に隠れてエロゲをするなど、普段は不真面目な学生。しかし影では天才ハッカー「ファルコン」として高度なハッキング能力を駆使し悪人の不正を告発している。その能力は天性のものらしく、小学4年生で有料アダルトサイトのハッキングに成功している。父・竜之介の勤める公安調査庁のコンピュータシステムに侵入したことがきっかけで、竜之介の仕事を手伝っている。
「ファルコン」は苗字の高木の「高」を「鷹」と読ませた英語に由来している[1]。
九条音弥（くじょう おとや）
弥代学院高等部3年生で新聞部部長。
祖父・政宗が法務大臣であるため、父が法務省に勤務している藤丸とは幼いころからの付き合い。藤丸がファルコンであることを以前から知っている。全国大会を二連覇した弓の名手で、60m先の人間を射抜く腕前を持つ。家庭は裕福で、邸宅は藤丸が迷うほど広い。ロシア語が多少できるらしい。
他人や物事からは一定の距離を置いた冷静な態度をとることが多く、政宗に「なかなか他人を信用しない」と評されている。しかし、遥だけに対してはリラックスした表情を見せることもある。遥に好意を抱いており「多少のムチャしたくなるくらい」と語っている。本人は片想いのつもりでおり、実は相思相愛であることに気づいていない。
朝田あおい（あさだ-）
弥代学院高等部2年生で新聞部の副部長。
竜之介がボランティアで教えている空手の生徒の一人で、実戦空手全国大会の女子最年少チャンピオン。竜之介を非常に慕っている。
付き合いの長い藤丸のことを気にかけているが、藤丸がファルコンであることを知らず、彼がいつもネットに向かっているのはエロゲや18禁サイトばかりを閲覧しているからであると思っている。藤丸にスカートめくりなどのセクハラを受ける度に彼に蹴りを見舞っている。藤丸がマヤの色気に夢中になっていた時には、マヤに激しく食いかかった。
安斎真子（あんざい まこ）
弥代学院高等部1年生の新聞部員。藤丸には｢アンコ｣と呼ばれているが、本人はその呼称を嫌がっている。
ファンサイトを立ち上げるほど「ファルコン」に心酔しており、その正体が藤丸だと知った時には興奮していた。また藤丸が「ファルコン」なので尊敬している。エロにはあまり免疫がなく、セクハラは絶対に許せないという姿勢はあおいと変わらない。
英と親しく、2人で個人的に電話で連絡を取り合っていた。また、彼がBLOODY-Xに感染・発症した時には逃げずに看病した。自分も感染していたが、抗ウイルス剤により助かる。
立川英（たちかわ ひで）
弥代学院高等部2年生の新聞部員。16歳。身長が低いため、真子と同学年に見える。
立川水道施設の社長である父親が、若いフィリピン人女性・マリアと再婚したため、ラウルという幼い義理の弟がいる。義母となったマリアと彼女の弟・マウーロがマヤやKの計画『BLOODY MONDAY』に関わっていることは知らぬまま、家族として共に暮らしてきた。
藤丸のパソコン閲覧を、そうであってもなくてもエロゲであると連呼してからかうなど活発な性格。怪しい目つきと息遣いでマヤのバストについて語りだす、少し危ない一面がある。しかし肝心な時に弱気になってしまう臆病な部分もあり、危険な事件に巻き込まれていく藤丸たちと距離を置くようになる。
マリアの策略で『BLOODY-X』に感染。翌日、真子と共に弥代学院に立てこもった時に発症したために死を覚悟し、藤丸の指示を受けてマウーロのもとに向かう。マウーロに真実を明かされた後、腹部を撃たれ死亡する。
真子とはかなり仲が良く、2人で個人的に電話することもある。藤丸たちと離反した際にも真子だけにそのことを告げ、一緒に離反しようかと誘ったこともある。
高木遥（たかぎ はるか）
藤丸の妹。弥代学院中等部3年生。腎臓に障害があるため人工透析を受けている。テロ組織に2度拉致されたが、藤丸によって救出されている。音弥に憧れ恋心を抱いているが、片想いと思っている。エロには免疫が無く、藤丸の嘘にも顔を真っ赤にして怒る。宝生を慕っていたため、彼女の裏切りと死に号泣した。
学院に向かった兄を追って、音弥の祖父・政宗大臣と共に保健室に向かった時に『BLOODY-X』に感染した英が発症した様子を目撃する。自らも現場に居たが抗ウイルス剤によって助かる。
THIRD-i
公安調査庁にある、主にテロ行為や国家クーデターなどの防止を図る、エリートを結集した治安維持組織「調査第一部第三課」の通称。一般にはその存在自体が伏せられている。竜之介によると、THIRD-i内部にもスパイがいるとのこと。
（作品中、THIRD-iの職員は武装しており、また容疑者の身柄拘束等THIRD-iが司法警察権を有しているような描き方をしているが、実際の公安調査庁は破壊活動防止法等の規制対象に該当する団体であるかどうかの調査（情報収集）と処分請求を行う純粋な調査機関であり、職員は特別司法警察職員等、司法警察権・法施行権を行使する権限は一切ない。）
高木竜之介（たかぎ りゅうのすけ）
THIRD-i副長で藤丸の父親。43歳。同僚・部下から慕われている。監視のためとはいえ藤丸に仕事を手伝わせることに複雑な心境を抱いている。沖田殺害容疑で全国指名手配される。
『沖田ファイル』を加納に手渡し病院に搬送されていたが、伊庭の策略に嵌まってそこを抜け出し音弥、あおいと合流する。
沖田耕一（おきた こういち）
ロシアの出張から帰り、唯一信頼を寄せていた竜之介に密かに接触、あるデータファイルを託すが、その直後に銃殺される。
苑麻孝雄（そのま たかお）
THIRD-i部長。あだ名は苗字の音読みで『エンマさま』。藤丸も『顔だけ菩薩のエンマ様』と呼んでいる。
宝生小百合（ほうしょう さゆり）
THIRD-i高木班のメンバーの1人。28歳。自衛隊の特殊部隊に所属していた経験を持ち、格闘術にも長けている。
潜入捜査のプロを自称していたが、その正体は兄に横領の濡れ衣を着せて自殺に追いやった国家に復讐するためにTHIRD-iに潜り込んでいたスパイであった。藤丸と加納にその正体を見破られ包囲されたが、ショックを受けた藤丸の隙を見て加納を狙撃、藤丸を人質にとる。さらに遥が入院する病院に行ったが、不審に思った音弥に見破られ狙撃する。その後、遥を人質に逃亡を図ったが、加納に銃を撃ち落される。加納からTHIRD-iに戻るように説得されるが耳を貸さず、銃を拾おうとしたところをTHIRD-iが手配した狙撃班の集中砲火を浴び、そのまま転落し死亡。
遥を人質にとった際に組織の計画をうっかり漏らしていたため、彼女の死を聞いたJは粛清をしなくて済んだと安堵していた。
霧島悟郎（きりしま ごろう）
THIRD-i高木班のメンバーの1人。28歳。高木不在以降、班の指揮を執る。藤丸の知識と行動力を高く評価しており、彼が積極的にTHIRD-iの活動に加わることを許可する。
加納生馬（かのう いくま）
THIRD-i高木班のメンバーの1人。32歳。射撃のスペシャリスト。
マヤとの司法取引の現場に向かう際、裏切った宝生に頭を撃たれたが、弾は殺傷能力ゼロの高圧電流弾であったため、気絶しただけで済んだ。宝生に対しては自分を撃った事には一言も言及せず、最後まで彼女を救おうとしていた。
榊（さかき）
THIRD-iの一員。武装チームの班長。
南海かおる（みなみ-）
THIRD-iの一員。元々は榊の率いる班の所属だったが、宝生の死後から藤丸の護衛として共に行動する。藤丸とは対称的にサイバー技術に関しては疎く、携帯電話もあまり信頼していないようである。宝生以上に男勝りな物腰のためか加納からは「色気がない」と評されている。
工藤（くどう）
THIRD-iの一員。抗ウイルス剤の在り処を探す際に霧島の補佐として登場、初めは藤丸に不信感があったが、藤丸の実力を目の当たりにすることで藤丸を認める。抗ウイルス剤を発見し持ち帰る際にマヤに射殺される。
澤北 美姫 （さわきた みき）
THIRD-iの一員。主に霧島の補佐をする。
矢島雄吾（やじま ゆうご）
THIRD-iの一員。婚約者の森見と共に「BLOODY-X」に感染するが、藤丸が調達した抗ウイルス剤で一命を取りとめる。森見の死後は分析官として現場に復帰する。
森見五月（もりみ さつき）
THIRD-iの一員。矢島の婚約者。「BLOODY-X」に感染。抗ウイルス剤を接種するが間に合わず死亡。
鎌田建一郎（かまた けんいちろう）
テロ対策で結果を出せず、現場指揮者の任を解かれた霧島の後を受け、課長に就任。一時はTHIRD-iの指揮を執る。しかし権力に弱く「長い物には巻かれろ」を地でいく指揮のため、部下や藤丸からの信頼は全くない。
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西川
鎌田の秘書として、共にTHIRD-iに赴任してきた女性。実際にはテロ組織のスパイだったが、藤丸に見破られた。肉体関係を持つことで、鎌田を利用していた。